Grundsätzlich gilt zu sagen, dass das Hauptziel sowohl in der Schulmedizin wie auch in der Homöopathie dasselbe ist, nämlich die Heilung des erkrankten Individuums, und wo dies nicht möglich ist, eine Erleichterung vom Leiden (Palliation).
Der Unterschied zwischen der Schulmedizin und der Homöopathie liegt hauptsächlich in der Annahme von ganz unterschiedlichen Modellen.
Das Modell der Schulmedizin ist sehr stark von den naturwissenschaftlichen Forschungen und Errungenschaften geprägt. Als «führende Idee» kann man die sogenannte evidenzbasierte Medizin (EbM) bezeichnen: Eine Therapie bei einem Patienten soll aufgrund von wissenschaftlichen Wirksamkeitsstudien verordnet werden. Einfaches Beispiel: Bei einem Patienten wird nach kompletter Untersuchung inklusive Laboranalyse eine Entzündung X diagnostiziert, verursacht durch das Bakterium Y. Dagegen wird mit dem Antibiotikum Z behandelt, da die Laboranalyse zusätzlich ergeben hat, dass das Bakterium Y auf das Antibiotikum Z sensibel ist.
Die Schulmedizin beruht fast ausschliesslich auf materialistischen Anschauungsweisen. Was nicht der normalen Physiologie entspricht und gefährlich werden könnte, soll beseitigt werden. In Akutsituationen hat die Schulmedizin sehr zuverlässige Methoden, schlimme Übel zu therapieren.
Obwohl in der Homöopathie sehr viele Ansätze von naturwissenschaftlichem Arbeiten vorhanden sind (genaues Beobachten, akribische Notation, etc.), ist das Modell der Homöopathie doch eher ein geisteswissenschaftliches Modell. Das Zentrum bildet das Ähnlichkeitsgesetzt («Ähnliches soll mit Ähnlichem geheilt werden»), wobei alle Aspekte des erkrankten Individuums berücksichtigt werden. Einfaches Beispiel: Ein Patient leidet an einer Entzündung X. Für die Wahl der passenden homöopathischen Arznei Z sollen alle Aspekte des Erkrankten miteinbezogen werden: Wie äussert sich das Leiden, gibt es Begleiterscheinungen, gibt es Dinge, die dem Patienten Erleichterung verschaffen, Charakterzüge des Patienten, Ängste, usw. Die Entzündung an sich und die Erreger, die darin gefunden werden, stellen nicht unbedingt das Hauptindiz für die Arznei dar.
Vor allem auch chronische Erkrankungen können sehr gut und elegant homöopathisch behandelt werden.
Aus obigen Erläuterungen ist klar ersichtlich, dass ein direkter Vergleich dieser beiden Heilmethoden schwierig ist, da beiden Heilverfahren sehr verschiedene Modelle zugrunde liegen. Leider passiert es oft, dass die eine Methode aus der Sicht und mit den Massstäben der anderen Methode beurteilt wird, was zwangsläufig zu Kritik und Ablehung führt.
Diese Ausführung dient einem kurzen Überblick und Denkanstoss und hat keinen Anspruch auf Vollständigkeit.